python openslide 설치법

1. openslide python 1.1.1과 Windows Binaries 2017-11-22 64bit를 다운로드하고 C:\에 압축을 푼다.

https://openslide.org/download/

Downloading OpenSlide

openslide python interface 1.1.1 2016-06-11 tar.gz 다운로드

windows binaries 2017-11-22 64-bit 다운로드

문서에 두 압축파일을 풀어놓았다

 

2. Microsoft Visual Studio 다운로드한다.

https://visualstudio.microsoft.com/ko/downloads/

Windows 및 Mac용 Visual Studio 2019 다운로드

커뮤니티 버전 다운로드

 

Visual C++ 빌드 도구 선택, 옵션에서 위에서부터 3개 선택, 설치

 

 

Microsoft Visual C++설치하지 않고 openslide setup.py 실행시 아래와 같은 에러가 발생한다. 

microsoft visual c++ 14.0 is required. get it with "build tools for visual studio":visualstudio.microsoft.com/downloads/

 

 

 

 

 

3. Anaconda Prompt에서 cd ~Documents\openslide-python-1.1.1 를 입력해서 압축푼 주소로 이동하고 python setup.py install 입력하여 setup.py를 실행하여 openslide를 설치한다.

cd C:\openslide-python-1.1.1
python setup.py install

openslide가 설치되었다!

 

 

3. "C:\openslide-win64-20171122\bin" 폴더 주소를 환경변수에 추가

윈도우 검색창에 "고급 시스템 설정" -> 환경변수 -> 시스템 변수에서 Path를 선택하고 편집 클릭

 

4. 주피터 노트북 실행하여 PIL 라이브러리를 설치한다

pip install pillow

설치하지 않고 openslide를 import하면 PIL을 필요하다는 에러가 발생한다

 ModuleNotFoundError: No module named 'PIL'

 

5. 주피터 노트북에서 openslide를 import 하기

환경변수에 windows binaries가 있는 bin 폴더를 추가한다

import os
os.environ['PATH'] = "C:\\openslide-win64-20171122\\bin" + ";" + os.environ['PATH']

현재 working directory를 openslide-python-1.1.1 폴더로 바꾼다

os.chdir('C:/Users/KIMSUNGHUN/Documents/openslide-python-1.1.1')
print(os.getcwd())

openslide를 import 한고 TCGA의 GBM histopathology 이미지 확장자인 .svs 파일을 불러온다

import openslide
path = "C:/data\TCGA_GBM/raw files/TCGA-02-0003-01Z-00-DX1.6171b175-0972-4e84-9997-2f1ce75f4407.svs"
osr = openslide.OpenSlide(path)
print(osr.dimensions)

openslide로 TCGA-GBM histopathology 이미지 파일인 .svs를 불러왔다

 

자세한 OpenSlide의 사용법은 OpenSlide 홈페이지 참고

https://openslide.org/api/python/

OpenSlide Python — OpenSlide Python 1.1.1 documentation